Die In-vitro-Fertilisation in einem natürlichen Zyklus ist die bevorzugte Behandlung für bestimmte Gruppen von Frauen:

• Besonders geeignet dafür sind Frauen, bei denen aus medizinischen Gründen, wie z. B. Brust-, Endometrium- oder Eierstockkrebs in der Vorgeschichte, die Einnahme von Hormonen kontraindiziert ist.
• Zur zweiten Kategorie gehören Frauen, die bereits die klassischen IVF-Medikamente mit einem schlechten Ansprechen ausprobiert haben oder bei denen stattdessen eine Überstimulation der Eierstöcke aufgetreten ist, was eine häufige Komplikation bei der IVF ist.
• Schließlich ist die IVF im natürlichen Zyklus eine ideale Lösung für Frauen im fortgeschrittenen Alter oder mit einer Veranlagung für eine vorzeitige Ovarialinsuffizienz, und in diesen Fällen ist es nicht sinnvoll, Medikamente zu verabreichen, die in gewisser Weise Varianten der IVF sind.

Die Erfolgsraten der IVF im natürlichen Zyklus ab dem Zeitpunkt des Eisprungs unterscheiden sich nicht von den Erfolgsraten nach einer ovariellen Stimulation.